by Mochamad Toha

Surabaya FNN - Minggu (30/8). Dalam tulisan lalu, saya ungkap tentang adanya varian baru yang sudah ditemukan di Malaysia, Thailand, dan Philipina, yang berkemampuan 10 kali lebih mematikan dibanding Covid-19. Apalagi, saat ini mutasi Virus Corona sudah lebih dari 500 varian.

Ternyata, karena gennya bermutasi, mutannya ada yang “bersifat” tidak hanya ke reseptor Angiotensin Converting Enzyme 2 (ACE2) saja, tetapi langsung menginfeksi sel-sel saraf. Manifesnya bisa meningitis.

Ada juga yang langsung berikatan atau nempel di sel-sel darah merah, sehingga manifestasi klinisnya seperti DB, tapi setelah dites PCR: positif. Ini banyak ditemukan di pasien-pasien anak di rumah sakit.

Jadi, Covid-19 tersebut tak hanya menginfeksi di saluran pernapasan seperti yang selama ini beredar! Dia mampu menyerang saluran pencernaan dan syaraf. Varian baru itu diberi Kode D614G.

Farmasetika.com pada dua pekan lalu menulis, Institute of Medical Research (IMR) telah mendeteksi mutasi Covid-19 tipe D614G dalam tes kultur sampel yang diambil dari 3 kasus yang terkait dengan Cluster Sivagangga, dan satu dari Cluster Ulu Tiram, Malaysia.

Sebelumnya, pada Juli 2020 ditemukan di Eropa. Dalam sebuah posting Facebook, Direktur Jenderal Kesehatan Malaysia Datuk Dr Noor Hisham Abdullah mengatakan, mutasi D614G pertama kali terdeteksi pada Juli 2020.

Dan, penelitian kemungkinan akan mengungkapkan, vaksin apa pun yang ada tidak efektif melawan mutasi tersebut.

“Itu ditemukan 10 kali lebih mungkin untuk menginfeksi individu lain dan lebih mudah disebarkan oleh individu penyebar super,” jelasnya seperti dikutip dari New Straits Times, Minggu (16/8/2020).

“Selama ini, kedua cluster tersebut terkendali karena berbagai kontrol kesehatan masyarakat di lapangan,” lanjutnya. Meski demikian, masyarakat harus tetap waspada dan berhati-hati karena Covid-19 dengan mutasi D614G telah terdeteksi di Malaysia.

“Terus melakukan tindakan preventif dan (tetap) patuhi standar operasional prosedur yang ditetapkan, seperti menjaga jarak fisik, praktik kebersihan diri, dan memakai masker saat berada di tempat umum,” ujarnya.

Ia menambahkan, pengujian ini masih pendahuluan, dan ada beberapa uji lanjutan yang sedang dilakukan terhadap kasus-kasus lain, termasuk kasus indeks kedua klaster.

Dr Noor Hisham menekankan, situasi Covid-19 di negara itu terkendali dan Kementerian Kesehatan, bersama dengan lembaga lain, masih melakukan upaya untuk mengekang penyebaran virus corona.

“Kerja sama dari masyarakat sangat dibutuhkan, agar kita bisa bersama-sama menekan penularan infeksi Covid-19 dari segala jenis mutasi,” imbuhnya.

Covid-19 D614G

Mutasi genetik itu ditandai dengan perubahan permanen urutan DNA yang mungkin terjadi karena faktor lingkungan (radiasi UV), atau karena kesalahan selama proses replikasi DNA.

Mutasi genetik tersebut bisa terjadi dari banyak jenis, termasuk missense, nonsense, insertion, deletion, duplikasi, frameshift, dan repeat expansion mutation.

Mutasi D614G adalah mutasi missense di mana perubahan pasangan basa DNA tunggal menyebabkan substitusi asam aspartat (kode satu huruf: D) dengan glisin (kode huruf tunggal: G) pada protein yang dikodekan oleh gen yang bermutasi.

Kodon RNA yang mengkode asam aspartat dan glisin dirancang masing-masing sebagai GAU/GAC dan GGU/GGC.

Jadi, mutasi tunggal pada kodon RNA yang menyebabkan pergeseran A ke G tersebut bisa menyebabkan pergeseran asam aspartat menjadi glisin dalam urutan peptida dari protein target.

Glisin adalah asam amino nonpolar dengan satu atom hidrogen sebagai rantai sampingnya; sedangkan asam aspartat adalah asam amino polar dengan rantai samping asam. Mengingat perbedaan substansial antara sifat dasar asam amino ini, mutasi D614G diharapkan memiliki implikasi biologis yang signifikan.

Secara umum, virus dapat mengalami mutasi genetik yang sering karena beberapa faktor, seperti seleksi alam dan pergeseran genetik acak. Karena faktor-faktor ini dapat bekerja secara berurutan, seringkali sangat sulit untuk mengidentifikasi kapan mutasi virus menjadi lebih umum.

Dalam kasus virus corona baru, mutasi D614G pada protein lonjakan virus terjadi pada tahap awal pandemi, dan bukti terbaru menunjukkan bahwa virus yang mengandung residu glisin di posisi 614 kini telah menjadi varian paling umum secara global.

Untuk mengidentifikasi faktor penyebab yang bertanggung jawab atas kemunculan cepat G614 yang mengandung virus corona, para ilmuwan telah memantau secara ekstensif semua data sekuensing genom virus corona yang tersedia secara global di database Global Initiative for Sharing All Influenza Data (GISAID).

Dengan menggunakan metode bioinformatis yang sesuai, para ilmuwan telah menemukan bahwa mutasi G614G pada protein lonjakan virus adalah mutasi yang paling sering terjadi di banyak lokasi geografis.

Sebagai virus pseudotipe, varian G614 memiliki titer infeksi yang jauh lebih tinggi daripada varian D614. Ini menunjukkan bahwa lonjakan mutasi D614G membuat virus korona baru lebih menular dan virus dapat ditularkan dengan lebih mudah dan cepat dari orang ke orang.

Selain itu, para ilmuwan telah menunjukkan, orang yang terinfeksi varian G614 memiliki viral load yang lebih tinggi di saluran pernapasan bagian atas dibandingkan dengan mereka yang terinfeksi varian D614. Namun, mutasi D614G itu tidak terkait dengan peningkatan keparahan penyakit.

Karena mutasi D614G terletak pada antarmuka antara protomer protein lonjakan yang berdekatan, mutasi ini bisa memodulasi interaksi protomer-protomer dengan mengganggu pembentukan ikatan hidrogen antar-protomer.

Menariknya, satu studi yang dilakukan pada pseudovirus yang mengandung D614 atau G614 telah mengklaim bahwa virus yang mengandung G614 lebih rentan terhadap netralisasi yang dimediasi sera.

Penemuan ini menunjukkan, mutasi D614G tidak memfasilitasi virus keluar dari respon imun host. Apakah mutasi Spike D614G dikaitkan dengan kasus kematian yang lebih tinggi?

Meski tidak ada bukti yang menunjukkan, mutasi D614G dikaitkan dengan peningkatan keparahan Covid-19, sebuah penelitian terbaru yang menggunakan pohon filogenetik lebih dari 4000 genom virus corona telah mengklaim, virus yang mengandung mutasi D614G lebih ganas, dan karenanya, dikaitkan dengan penyakit dengan tingkat kematian yang lebih tinggi.

Penelitian ini berspekulasi, patogenisitas virus yang lebih tinggi mungkin disebabkan oleh perubahan konformasi yang dimediasi oleh mutasi pada protein spike, yang memfasilitasi pemaparan situs pembelahan polibasik ke protease seluler.

Bisakah mutasi D614G mempengaruhi pengembangan vaksin? Protein spike mendapatkan banyak perhatian dari sistem kekebalan inang karena terletak di permukaan luar virus (protein eksternal).

Dengan demikian, mutasi spike D614G tersebut diharapkan memainkan peran utama dalam memodulasi kemampuan virus untuk melarikan diri dari respons imun yang diinduksi oleh vaksin.

Namun, ada bukti yang menunjukkan bahwa kemungkinan mutasi D614G mempengaruhi kemanjuran vaksin sangat kecil.

Karena mutasi itu tidak berada dalam domain pengikat reseptor protein spike, mutasi kecil kemungkinan memengaruhi kemampuan domain tersebut untuk menginduksi respons imun inang, yang diyakini sebagai prasyarat untuk netralisasi virus yang dimediasi antibodi.

Selain itu, sebagian besar vaksin yang sedang berlangsung dikembangkan untuk melawan domain pengikat reseptor, dan dengan demikian, mutasi D614G seharusnya tak berpengaruh pada kemanjuran vaksin.

Pengamatan penting lainnya adalah bahwa serum penyembuhan yang diperoleh orang yang terinfeksi virus D614 telah ditemukan bisa menetralkan virus yang mengandung G614, begitu pula sebaliknya.

Ini menunjukkan bahwa mutasi D614G tidak mengubah respons imun yang dimediasi oleh antibodi. Kabarnya, sebelum di Malaysia, D614G itu sudah ditemukan di Indonesia.

***

Penulis wartawan senior FNN.co.id